多分もっと便利なツールとかあるんでしょうけど、
私は無料でWEBから使えるSEOツールでインデックス確認をしています。

まずはサイトのページ一覧を取得

http://tshinobu.com/lab/get-page-link/

上記のサイトの基点となるページにURLを入力して、GOボタンをクリック。
サイトのページのURL一覧が表示されるので、テキストを全部コピーします。

次にインデックス確認ツールを使用

次にこのサイトにアクセスします。

http://www.seojapan.co.jp/seotool/?q=12

先ほどコピーしたテキストをボックスに貼り付けて、CHECK!ボタンをクリック。

インデックスされているページは「認識されています」と表示されますし、インデックスされていないページは「認識されていません」と表示されます。

「認識されていません」のページがあったら、Fetch as Googleでインデックス送信をしましょう。

全くインデックスされないという場合は、ページを改良する必要があると思われます。